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民國39年政府鑒於全國鄉村預防保健之重要，在全國各鄉市設立衛生所。莿桐衛生所前身附設於莿桐村中山路68號莿桐鄉公所內。由鄉長兼主任、並聘請開業醫師每星期駐診兩天辦理醫療及保護業務。當時人員配置醫師、檢驗員、助產士、保健員、工友、各乙名。
民國40年政府配合當時美援單位「中國農村復興聯合委員會」全國興建辦公廳舍、莿桐鄉公所提供莿桐村中山181號土地興建丙辦公廳舍。
民國42年12月由當時王振恭鄉長主持落成典禮。雖脫離寄人籬下遷離入新廳舍。正式命名為莿桐鄉衛生所。隸屬於莿桐鄉公所之附屬機關、並受莿桐鄉民代表之監督。業務受雲林縣衛生院督導、爾後改隸屬雲林縣政府業務受雲林縣衛生局指揮監督。
民國79年政府鑒於全省偏遠地區醫療資源之缺乏以優厚之條件鼓勵醫師下鄉開辦群體醫療中心並擴大編制。當時由於廳舍不足，向莿桐鄉公所商借莿桐鄉村集會所(日據時期保甲)開辦群體醫療業務。當時政府鼓勵廳舍重建換新，經取得鄉長之同意，原址拆除擴建。後經衛生局設計勘查土地發現原址土地涉及國有土地而暫援辦理經過兩年後衛生局再提原址擴建會議當時曾鄉長秀田反對因舊址位居交通要衝顧及民眾安全，遂提供莿桐村和平路53號莿桐鄉公所後面土地 2000 平方公尺供行政衛生署勘查，衛生署勉強同意始新建於現址。
80年落成繼續辦理群體醫療中心。後因政府大量培訓醫藥人才，鄉村開業醫院診所增多導致群體醫療業務萎縮，遂而停辦醫療業務衛生所業務則著重預防保健公衛業務。由於人口增多擴大、人員編制、醫師難聘遂修改組織章程主任乙職、由師級人員兼任。
本所創立迄今廳經謝o發、蘇o位、林o明、林o祥、官o潤、林o彬、王o華、林o璋、蔡o哲、王o雄、王o珍、王o文、吳o瀅(現任)等十來位主任之慘澹經營下略具規模.期今後更能開拓衛生所新格局。
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